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정산대행 vs 자체정산 vs 정산 자동화 SaaS, 우리 회사에 맞는 선택은?

김동현 · 대표, (주)허브인소프트 · 발행 · 수정 · 약 7분

정부 R&D 과제를 수행하는 중소기업이 정산을 처리하는 방식은 크게 셋입니다. 대표나 직원이 직접 하는 자체정산, 회계법인이나 정산 전문업체에 맡기는 정산대행, 그리고 집행 시점에 증빙과 비목을 자동으로 정리하는 정산 자동화 SaaS 입니다. 셋은 배타적이지 않고, 실제로는 "SaaS 로 정리하고 대행사는 검토만" 처럼 섞어 씁니다. 이 글은 각 방식의 비용과 시간, 불인정 리스크, 회사에 남는 것을 비교하고, 과제 수와 인력에 따른 판단 기준을 제시합니다. 비용 수치는 일반적인 시장 범위와 자체 추정이며 업체·계약에 따라 다릅니다.

세 방식은 무엇이 다른가?

같은 정산이라도 "누가, 언제, 무엇을" 하는지가 다릅니다.

항목자체정산정산대행정산 자동화 SaaS
누가 하나대표 또는 담당 직원외부 대행사직원이 영수증만 올리고 도구가 정리
언제 정리되나정산 시즌에 몰아서분기·연말에 자료 넘긴 뒤결제 당일
불인정 발견 시점심사 결과 통보 후대행사 검토 시집행 시점(경고)
비용(연간, 과제 1~3건 가정)대표 시간 연 240시간 = 약 2,400만 원 상당(시간가치 10만 원 가정)수백만 원(과제·범위별 상이)월 33만 원 = 연 396만 원
회사에 남는 것경험(담당자 이직 시 소실)결과물(노하우는 대행사에)집행 데이터와 증빙 이력

불인정 리스크는 어느 방식이 낮은가?

불인정의 원인은 불인정 사유 7가지에서 보듯 대부분 집행 시점의 정보 부족입니다. 정산대행은 규정 해석이 정확하지만 자료를 넘기는 시점이 늦어, 이미 협약 기간이 지났거나 증빙을 다시 받을 수 없는 건은 대행사도 살릴 수 없습니다. 자체정산은 규정 지식이 담당자 개인에 묶여 있습니다. SaaS 는 집행 시점에 경고하므로 예방 효과가 크지만, 규정 해석이 애매한 건(비목 경계, 사전 승인 여부)은 여전히 사람의 판단이 필요합니다.

그래서 현실적인 조합은 "SaaS 로 집행 시점에 정리하고, 애매한 건만 대행사나 전문기관에 서면 문의" 입니다. 대행 범위가 검토로 줄어 비용도 줄어듭니다.

우리 회사에는 어느 방식이 맞나? 판단 기준

과제 수와 담당 인력으로 나누면 판단이 단순해집니다.

  • 과제 1건, 전담 인력 없음, 대표가 직접: 자체정산의 시간 비용이 가장 큽니다. SaaS 로 집행 시점 정리를 자동화하고, 정산 직전 검토만 대행에 맡기는 조합이 비용 대비 효과가 큽니다.
  • 과제 2~3건, 담당 직원 1명: 직원이 규정을 익힐 시간이 부족한 단계입니다. SaaS 의 비목별 증빙 체크리스트와 경고가 교육을 대신합니다.
  • 과제 4건 이상 또는 여러 부처 동시 수행: 시스템(RCMS, 통합 Ezbaro)이 섞이고 인건비 참여율 관리가 복잡해집니다. SaaS 로 데이터를 통합하고, 연 1회 대행사 정밀 검토를 두는 구성이 안전합니다.
  • 보안 규정으로 외부 클라우드를 쓸 수 없는 기관: 온프레미스 설치형 SaaS 또는 자체정산 + 대행 검토를 검토합니다.

대행사를 고를 때 무엇을 물어봐야 하나?

대행을 쓰기로 했다면 계약 전에 다음을 확인하면 범위 분쟁을 줄일 수 있습니다.

  • 검토 범위: 건별 증빙 대조까지인가, 총괄표 검토만인가
  • 시점: 분기별 상시 검토인가, 정산 직전 일괄인가
  • 소명 지원: 불인정 통보 시 이의신청서(고시 제84조) 작성을 지원하는가
  • 데이터 반환: 계약 종료 시 집행 명세와 증빙을 회사가 쓸 수 있는 형태로 돌려주는가
  • 해당 사업(부처·전문기관) 정산 경험이 있는가

근거 법령

이 글은 일반적인 실무 기준과 위 법령의 조문을 바탕으로 정리한 것으로, 개별 과제의 정산 요건은 협약서와 해당 사업의 연구개발비 관리규정이 우선합니다. 법령은 개정될 수 있으므로 최신 조문은 국가법령정보센터에서 확인하십시오.